Jonny Lee Miller, 15 Kasım 1972'de Kingston, İngiltere'de doğdu. Oyuncu Anna Lee ve Alan Miller'ın oğlu ve aktör Bernard Lee'nin torunu. Seçici eyalet gramer okulundaki birçok lise oyununda göründükten sonra, Jonny tam zamanlı oyunculuk yapmak için 17 yaşında okulu bıraktı. Lisede sessiz ve utangaç olduğu söylense de, kendisini tüm filmlerinde kesinlikle iyi ifade ediyor. İlk popüler filmi, Angelina Jolie ve Matthew Lillard ile birlikte Hackers (1995) idi. Daha sonra rol arkadaşı Angelina, karısı oldu. Üç yıl sonra boşandılar. İlginç gerçek şu ki, tüm ailesi büyükanne ve büyükbabasına kadar oyunculuk yapıyor. Prodüksiyon şirketi Natural Nylon'da, Jude Law ve Trainspotting'deki (1996) rol arkadaşı Ewan McGregor'u da içeren bir ortaklığı var.
