Ali Candan, devlet hesabına Kosova'da görevli bir ajandır. Görünürdeki mesleği konsolos olan Candan, İstihbarat Amiri Aslan Akbey tarafından İstanbul'a çağrılır. Devletin gizli ellerle kurduğu Kamu Güvenliği Teşkilatı'nın başına geçmiş olan Aslan Akbey, adı Kurtlar Vadisi olan mafyayı bitirme operasyon için "kaybedecek bir şeyi olmayan, sevdiklerinden azade" bir eleman için yeni bir kimlik yaratır. Geçmişi bir kurgu olan bu "kimlik" mafyanın içine girecek tüm basamakları çıkacak ve ülkenin kirli ve egemen yapısı Kurtlar Konseyi'nin varlığını sona erdirecektir. Bu kimlik ise Ali Candan olacaktır. Aslan Akbey, Ali Candan'a "ölmesini" emreder. Bundan böyle Ali Candan'ı tanıyan herkes Ali Candan'ı öldü bilecektir.
Estetik müdahale ile yüzü değişen ve Polat Alemdar adını alan Ali Candan, artık Kurtlar Vadisi operasyonun iki numaralı uygulayıcısıdır. Fakat Ali Candan olarak tanıdığı ve hayatında yer eden kişilerle ilişkisi de bitmeyecektir. Karanlık ilişkiler ağında adım adım yol alan Alemdar, kendi kişisel ikilemi ve vatan hizmeti uğrunda yol alacaktır.