Lincoln Six Eco (Ewan McGregor) ve Jordan Two-Delta (Scarlett Johansson) görünüşe göre ütopik fakat dışa kapalı bir tesiste yaşamaktadırlar. Dikkatle denetimi yapılan bu ortamın bütün diğer sakinleri gibi, onlar da Adaya gönderilmek için seçilmeyi umutluydular, söylentiye göre burası gezegendeki son kirletilmemiş bölgedir. Fakat gerçekte kendilerinin birer klon olduklarını ve ölmeleri yaşamlarından daha değerli olduğunu keşfettiklerinde cüretkar bir kaçış planlarlar.
Bilmedikleri bir ortamda, bir zamanlar yuvaları olan kurumun sinsi güçleri tarafından amansızca takip edilen Lincoln ve Jordan, Ada hakkındaki gerçeği ortaya çıkarmak ve geride kalanları kurtarmak için hayatlarını riske atarlar.