Magneto nun çektiği Kötü Mutantlar Kardeşliği nin önemli bir senatörü öldürmesinden sonra Mutantların Sentineller tarafından avlandığı alternatif bir gelecekte geçecek Yapımcı Singer projenin önceki X Men filmlerini de kapsayacağını ve bu evreni genişletmek istediklerini de sözlerine ekledi...
Medeniyetin bu güne Apocalypse e tanrı gözüyle bakılmaktadır Marvel in X Men evreninin ilk ve en kuvvetli mutantı Apocalypse birçok mutantın özelliğini kendinde toplayarak ölümsüz ve yenilmez olmuştur Binlerce senelik uykusundan uyandığında bulduğu dünya onu büyük hayal kırıklığına uğratır...
X Men ekibinin karşısında şimdiye kadarki en güçlü düşmanları bulunmaktadır içlerinde biri olan Jean Grey Uzaydaki bir kurtarma görevi esnasında Jean gizemli kozmik bir güç tarafından yara alır Neredeyse hayatını kaybeden Jean eve döndüğünde bu gücün onu daha güçlü kıldığını fark eder...
