Organik ata tohumları ihmaller yüzünden yok olmakta, dünya bir gıda krizine doğru sürüklenmektedir. Tohumların yok olmasına neden olan kötücül Profesör Ali Cengiz Kapkara’ya karşı Köstebekgiller ve onlara yardım eden Deniz ile kardeşi Arda, son ata tohumunu kötücül profesörden geri almak için yola çıkar.
