Yojimbo'da gezgin bir samurayın yolu küçük bir kasabaya düşer. Bu küçük kasaba iki azılı çete tarafından yönetilmekte ve iki tarafın arasındaki güç gösterileri ve üste çıkma savaşlarıyla bölünmektedir. Samuray bu karışıklığın içerisine düştüğünde, geç olmadan kasabayı terk etmesinin iyi olacağı uyarılarına rağmen geri adım atmaz. Parlak zekasını kullanarak iki düşman tarafı birbirine düşürüp böylece iki grubun da yok olmasını sağlamak için zekice bir plan tasarlar.
