Godzilla 2: Canavarlar Kralı, Godzilla'nın Mothra, Rodan ve ezeli düşmanı olan 3 başlı King Ghidorah ile çatışması ve bu sırada insanlığın var oluşunun dengesini bozmasını anlatıyor. Mothra, Rodan ve ezeli rakibi olan 3 başlı Kral Ghidorah ile çatışan tehlikeli Godzilla da bu devasa boyutlardaki güçlü canavarların arasında yer alır. Bu efsane oldukları sanılan antik süper türler yeniden yükselip de karşı karşıya geldiğinde hepsi üstünlük için mücadeleye girişir. Bu tehlikeli mücadele esnasında insanlığın var oluşunun dengesi de pamuk ipliğine bağlı bir hale gelir. Bu savaşta kimin kazanacağı, insanlığın kaderini olduğu kadar gezegenin baskın türünün kim olacağını da kanıtlayacak hale gelir.