Arı Kovanına Çomak Sokan Kız'da Lisbeth Salander kafasında bir kurşunla bir hastanenin yoğun bakım ünitesinde yatmaktadır. İyileşir iyileşmez de kendisini doğrudan mahkum olacaktır, 3 cinayetten yargılanacağı duruşmaya götürülecektir. Davasını hayatı pahasına savunan Salander, gazeteci Mikael Blomkvist'in de yardımıyla masumiyetini kanıtlamaya ve kendine acı çektiren sistemin mimarı olan derin devletin sırlarını ortaya çıkarmaya çalışacaktır.