Uzun bir aradan sonra 2014 te yeniden sinema perdesine dönen 4 genç Ninja kaplumbağanın öyküleri devam ediyor İlk filmde birlik olup ezeli düşmanları Shredder ın planlarını alt eden kaplumbağalar New York şehrini koruma görevini daha da deneyimli olarak sürdürüyor...
Şehrin kahramanlara ihtiyacı vardır Karanlık New York u esir almıştır Shredder ve onun yancıları demir bir pençe gibi tüm polis teşkilatı ve politikacıları emri altına almış Şehir tamamen ümitsiz bir durumdadır taa ki pek de normal olmayan dört kardeş kanalizasyondan çıkıp...
Pizzasever kaplumbağalar bu maceralarında 17 yüzyıldalar Çizgi roman sayfalarından beyazperdeye transfer olan dört dost kaplumbağa Leonardo Donatello Raphael ve Michelangelo bu kez zamanda bir yolculuğa çıkıyorlar...
Dövüş sanatlarına hakim dört mutant kaplumbağa ve ustaları mutant fare ile birlikte kötülere karşı verdikleri savaşı konu edinen filmde iyi bir Ninja olabilmenin eğitimini sürdürmektedirler...
Radyasyona maruz kalan dört küçük kaplumbağa insan boyutlarına gelir ve büyük bir şehrin kanalizasyonunda kendileri gibi değişime uğramış fare Splinter efendi tarafından dövüş sanatlarında eğitilir...